Continuacion

La década siguiente comenzó con la obtención de los campeonatos de 1960 y 1963, título que pasó a la historia, ya que en ese año se marcaron dos récords: el primero, la máxima cantidad de goles anotados por un club en una temporada (103 goles) y el segundo, la máxima cantidad de goles anotados por un futbolista en una temporada (Luis Hernán Álvarez, con 37 goles).También ese año significó romper con la tradición de jugar solo con chilenos, que venía desde 1944, por medio del fichaje del argentino Walter Jiménez. Hasta el final de la década, Colo-Colo solo realizó campañas irregulares en los torneos nacionales, que fueron dominados por la Universidad de Chile y la Universidad Católica, llevando a una sequía que terminó con la obtención del título de 1970, el décimo del club.

Colo-Colo frente a Independiente durante la final de la Copa Libertadores de América de 1973.
En 1972, bajo la dirección técnica de Luis Álamos, y con figuras como Francisco Valdés y Carlos Caszely, alcanzó nuevamente el campeonato nacional y además, marcó el récord de promedio de asistencia de público en Chile: 45.929 personas por partido. Este equipo fue la base del llamado «Colo-Colo '73», el primer club chileno en llegar a la final de la Copa Libertadores de América, la cual perdió con Independiente de Argentina. Luego de este subcampeonato el equipo entró en una crisis deportiva e institucional (véase Administración) que se solucionó, al menos en el plano deportivo, con la obtención del título nacional de 1979, en donde destacaron futbolistas como Carlos Caszely y Severino Vasconcelos.

En los años 1980 Colo-Colo obtuvo los títulos nacionales de 1981 y 1983, bajo la dirección técnica de Pedro García y los títulos de 1986 y 1989, de la mano del entrenador Arturo Salah. En esta década el club ganó también la Copa Chile en cuatro oportunidades. Por el contrario, la gran deuda de Colo-Colo estuvo en el campo internacional, donde pese a realizar buenas presentaciones, en las cuales llegó a ganar a São Paulo como visitante en 1987, solo consiguió superar la primera fase de la Copa Libertadores en 1988. A fines de la década, el 30 de septiembre de 1989, se inauguró de forma definitiva el Estadio Monumental, con un encuentro entre Colo-Colo y Peñarol, que terminó con triunfo de Colo-Colo por 2:1.

Réplica de la Copa Libertadores de América, conseguida por el club en 1991.
La década de los años 1990 pasó a la historia del club por ser la década con más títulos conseguidos y por la obtención de los primeros torneos a nivel internacional. A mediados del año 1990 se contrató al técnico croata Mirko Jozić, con quien el equipo ganó su primer bicampeonato, al consagrarse campeón de ese año. El 5 de junio de 1991 el club conquistó su primer título internacional: la Copa Libertadores de 1991, tras derrotar a Olimpia de Paraguay por 3:0 en el Monumental, con dos goles de Luis Pérez y uno de Leonel Herrera, transformándose así en el único equipo chileno hasta el momento en ganar dicho torneo. Ese mismo año, perdió la final de la Copa Intercontinental en Tokio por 3:0 ante el Estrella Roja de Belgrado. En el ámbito local consiguió por primera vez un tricampeonato, al ganar el campeonato de 1991. Al año siguiente Colo-Colo se tituló campeón de la Recopa Sudamericana al derrotar por penales a Cruzeiro de Brasil y de la Copa Interamericana al vencer al Puebla de México. En 1993 Jozić consiguió su último título en Colo-Colo al quedarse con el campeonato nacional.

Después de la salida de Jozić del club, Colo-Colo sufrió algunos años de inestabilidad, provocados por la disputa de la presidencia entre las facciones encabezadas por Peter Dragicevic y Eduardo Menichetti y que acabó con la elección del primero de estos, además una deuda en lento crecimiento. En el plano futbolístico estos problemas fueron paleados con la llegada del entrenador paraguayo Gustavo Benítez en 1995, que ganó con el club los torneos de 1996, Clausura 1997 y 1998, además de llegar dos veces a la semifinal de la Supercopa Sudamericana y una vez a la semifinal de la Copa Libertadores. No obstante, pese al éxito a nivel deportivo, en el plano institucional las malas gestiones económicas, así como el enorme gasto en refuerzos conllevaron que el club entrara en una severa crisis financiara.
Tras el alejamiento de Benítez en 1999, la década del 2000 comenzó con la etapa más negra del club en lo financiero, que tuvo su punto más álgido el 23 de enero de 2002, cuando la justicia decretó la quiebra del club (véase Quiebra de Colo-Colo) dejándolo a cargo del síndico Juan Carlos Saffie, cuya gestión permitió la continuidad de giro del club, necesaria para que Colo-Colo no perdiera su personalidad jurídica y sus bienes no fueran a remate. A pesar de estar en quiebra, el club se consagró campeón del torneo de Clausura 2002, de la mano del entrenador Jaime Pizarro y de un equipo casi completamente juvenil. En el año 2005 tomó la administración del club la sociedad anónima Blanco y Negro S.A., la cual concesionó todos los activos del club por 30 años, a cambio de pagar todas las deudas a través de un proceso de apertura en la Bolsa de Comercio de Santiago, a principios del año siguiente la justicia levantó definitivamente la quiebra.

El equipo de Colo-Colo levanta la copa del Torneo Clausura 2006.
Con Claudio Borghi como entrenador desde el año 2006 y con las buenas actuaciones de futbolistas como Matías Fernández, Jorge Valdivia y Humberto Suazo, Colo-Colo logró coronarse campeón del Apertura, al ganarle en la final a la Universidad de Chile en definición a penales y del Clausura 2006, al derrotar a Audax Italiano, además de llegar nuevamente a una final de un torneo internacional, la final de la Copa Sudamericana 2006, que perdió con el Pachuca de México tras empatar 1:1 en el Estadio Hidalgo y perder por 2:1 en el Estadio Nacional. Además, en octubre de ese año los albos fueron reconocidos como el club del mes del mundo de ese mes según la IFFHS.] Al año siguiente el equipo se coronó tricampeón por segunda vez en su historia tras ganar el Apertura 2007, y en la segunda parte del año logró ser el primer equipo chileno en alcanzar un tetracampeonato, tras adjudicarse el campeonato de Clausura 2007 al derrotar en la final del torneo a la Universidad de Concepción por 1:0 en el Municipal de Concepción y por 3:0 en el Monumental.

Tras la renuncia de Borghi en marzo de 2008, fue Fernando Astengo quien guió a Colo-Colo a la final del Apertura 2008, que Colo-Colo terminó perdiendo ante Everton de Viña del Mar. Ya en el Clausura 2008, Astengo renunció a la banca alba tras una irregular campaña,[48] siendo Marcelo Barticciotto su sucesor. Barticciotto condujo al club a su campeonato número 28, tras derrotar en la final a Palestino igualando 1:1 en el Nacional y ganando por 3:1 en el Monumental. Uno de los goles de la final de vuelta fue obra del delantero Lucas Barrios, quien igualó la marca de Luis Hernán Álvarez en 1963 con la mayor cantidad de goles anotados en una temporada por un jugador de Colo-Colo (37 goles).
En el año 2009 Colo-Colo se convirtió en el primer equipo profesional en disputar un encuentro en la Isla de Pascua, al enfrentar al seleccionado local por la Copa Chile. Este partido, que fue catalogado por la FIFA como «el juego del siglo en Rapa Nui», terminó con victoria para los albos por 4-0.